Para poder vaciar logs en un Servidor basta con emplear el siguiente comando:
> archivo.log
Dicho comando vacía los logs manteniendo los permisos correctamente, ya que no llega a eliminar el archivo. Sin embargo es posible que debido a que el log podría estar siendo escrito por algún proceso activo, sería conveniente parar el servicio antes de vaciar el log.
Para averiguar qué proceso o aplicación está escribiendo en el archivo puedes utilizar el comando lsof o fuser, los cuales mostrarán por pantalla que aplicación esta escribiendo en el log:
Por ejemplo, al realizar un lsof sobre un log de Apache:
lsof access.log
Se mostrará un resultado similar a:
COMMAND PID USER FD TYPE DEVICE SIZE/OFF NODE NAME apache2 1270 root 12w REG 8,1 0 2938 access.log
Que indicará que el proceso que está ocupando el log access.log es apache2.